Probier mal das wenn du mit VirtualDub Arbeitest hab vor einiger zeit mal geschrieben hier im Forum

Good Luck
besorg dir die MKVToolNix und installiere sie
besorg dir MKVExtractGUI und entpacke es in den MKVToolNix-Installationsordner
starte MKVExtractGUI und öffne deine MKV-Datei
markiere die Audio-/Video-(Untertitel-?)Streams, die du extrahieren willst
du solltest für den Ton eine AC3-Datei erhalten und für's Video eine Datei mit der Endung *.h264
ändere die Endung des Videos zu *.264
lade dir AVC2AVI runter und entpacke den Inhalt des Archivs in einen beliebigen Ordner
starte die avc2avi_gui.exe und öffne deine *.264 Datei (falls das Tool nicht startet: .NET Framework installieren)
trage im Feld unter "FPS" den Wert "23.976(nicht bei jedem kommt aufs Video an bei anderen ist meist auch der wert 25fps sonst audio asyncron am besten mit GSpot Checken welche Frame Rate)" ein und klick auf "mux"
jetzt heißt es warten => wenn das Tool fertig ist, erhälst du eine AVI, die du z.B. in AVI-Mux GUI o. AVI-Demux GTK+ (da AVI-Mux bei mir net richtig lief )mit der anfangs aus der MKV gewonnenen AC3 muxen kannst
Sind Alles Freeware Tools hab spaß (leider hab ich die Links net must halt mal mit Google suchen)
Aja diese methode ist verlustfrei da mit DirectStreamCopy gearbeitet wird und die Videos nicht neu Codiert werden sie Werden nur in ein AVI-Container GePackt und kann sommit von jedem Programm gelesen werden

solang die codecs installiert sind
Gruß Ascharan