Upps... das hört sich böse an.
Ich installiere immer folgendermaßen alles komplett neu. Ich habe noch eine alte Windows 98 SE CD da. Mit dieser boote ich meinen Rechner. Dann führe ich Fdisk durch und lösche alle Partitionen. (Auch die NTFS Partition). Danach erstelle ich meine Partitionen wieder nach meinen Größenwünschen. Nach einem Neustart (wieder mit der Windows 98 CD)formatiere ich meine erstellten Partitionen. Damit ist erstmal alles total clean. Dann boote ich mit der Windows XP CD und installiere Windows XP. Dabei formatiere ich während des Setups die Partition auf die ich Windows XP installiere (meißtens C) mit NTFS.
Ist vielleicht umständlich, aber ich finde das ok so und es funzt danach wieder alles supi.